旗艦の効力について

旗艦が倒されたら、効力はその時点で失われるのでしょうか。例えば不知火の速力アップは先制とるのが目的なので、バトルが始まってしまえば倒されても良いのですが速力落ちないので。感覚的には倒された時点で効力失ってる気がします。よろしくお願いします。。。